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처리한 기록

사례

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단체 설립공익법인 지정, 정관 세 조항부터 다시 본 이유 담당 인력 없던 비영리 협회 준비 노트

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"정관은 이미 있는데, 공익법인 지정을 받으려면 정관을 또 손봐야 하나요?"

얼마 전 서류를 맡아 챙길 담당 인력이 따로 없던 한 비영리 협회에서 이 질문을 받았습니다. 결론부터 말씀드리면, 공익법인 지정 정관은 기존 정관이 있다고 끝나는 것이 아니라 공익 목적 사용·불특정 다수 수혜·잔여재산 귀속이라는 세 조항이 요건에 맞게 들어가 있는지가 관건입니다. 오늘은 제가 이 사건을 맡으며 정리한 그 판단 기준을 노트로 남겨봤습니다.

공익법인 지정이 신고·허가와 다른 이유

공익법인 지정은 이미 설립된 비영리법인이 세제 혜택 대상이 되도록 국세청장의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정·고시하는 절차입니다. 신고나 허가가 아니라 추천을 거친 지정이라, 신청서 한 장을 제출하면 끝나는 일이 아닙니다. 예전에 지정기부금단체로 불리던 제도가 이 방식으로 정비되면서, 법인이 스스로 요건을 갖추고 이를 서류로 증명해야 하는 부분이 늘었습니다.

→ 신고가 아니라 추천을 거친 지정이라, 준비 단계에서 요건을 못 맞추면 심사 자체가 열리지 않습니다.

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공익법인 지정 정관에서 제가 먼저 보는 조항

그래서 제가 사건을 맡으면 공익법인 지정 정관부터 펼쳐 세 축을 확인합니다. 첫째 법인의 수입을 회원 이익이 아닌 공익 목적에 쓰고 수혜자가 불특정 다수일 것, 둘째 해산 시 잔여재산을 국가·지방자치단체나 유사한 목적의 비영리법인에 귀속한다는 문구, 셋째 인터넷 홈페이지를 열어 기부금 모금액과 활용실적을 공개하고 국세청 등 공공기관 홈페이지와 연결해 두는 조건입니다. 기존 정관에 공익 목적 조항이 있더라도, 요구되는 문구와 완전히 일치하지 않으면 세부 표현을 다시 다듬어야 합니다.

여기에 최근 3년 결산서와 해당 사업연도 예산서, 향후 3년 기부금 사업계획서 같은 재무 서류가 함께 붙습니다. 이 협회처럼 회계·법무 담당자를 두지 못한 단체일수록 이 재무 서류에서 시간이 오래 걸리는데, 숫자를 채우는 문제가 아니라 사업 내용과 공익사업의 방향이 정관과 어긋나지 않는지 맞춰가는 검토 작업이기 때문입니다.

→ 정관 문구 한 줄이 요건과 어긋나면, 그 한 줄 때문에 보완 요청이 옵니다.

신규와 재지정은 준비물이 다릅니다

공익법인 지정 정관과 서류를 갖췄더라도, 신규신청인지 재지정신청인지에 따라 제출 목록이 갈립니다. 신규는 의무이행준수 서약서를, 재지정은 그동안의 기부금 모금·지출 등 공익활동 보고서를 요구하는 식으로 서식이 다릅니다. 재지정은 지정기간이 끝난 뒤 일정 기간 안에 다시 지정되는 경우에 한해 이어지므로, 처음부터 어느 쪽에 해당하는지 확인하는 것이 순서입니다. 관련 서식도 2025년에 개정을 거쳐 현재 양식으로 바뀌었고, 2026년 기준으로도 접수 마감은 분기마다 정해져 있어 예전에 받아둔 서식을 그대로 쓰면 접수 단계에서 막힐 수 있습니다.

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자주 묻는 질문

기존에 쓰던 정관을 그대로 제출해도 공익법인 지정을 받을 수 있나요?

공익 목적 사용과 잔여재산 귀속 문구가 정관에 정확히 들어가 있어야 합니다. 문구가 다르면 조항을 다듬어 다시 제출하는 편이 안전합니다.

신청하면 언제쯤 지정 여부가 나오나요?

접수한 분기에 따라 국세청 추천과 기획재정부 고시 일정이 정해져 있습니다. 마감일을 넘기면 다음 분기로 밀릴 수 있어 일정 확인이 필요합니다.

지정을 받은 뒤에 따라오는 의무

지정 여부가 확정되면 절차가 끝나는 것이 아니라 오히려 관리가 시작됩니다. 매 사업연도 종료 후 일정 기간 안에 기부금 모금액과 활용실적을 법인 홈페이지와 국세청 홈택스에 각각 공시해야 하고, 결산서류 등 공시 의무도 함께 따라옵니다. 기부자에게 발급하는 기부금영수증 관리와, 수익사업을 뺀 지출의 상당 부분을 고유목적사업에 쓰는 의무까지 이어집니다. 이런 의무를 놓치면 지정취소나 재지정 제한으로 이어질 수 있어, 저는 지정 여부만큼이나 지정 이후의 일정을 함께 봐 두시라고 말씀드립니다.

유효기간도 미리 계산해 두는 편이 좋습니다. 신규 지정은 지정일이 속하는 연도 1월 1일부터 3년간 유지되고, 재지정은 지정기간이 끝난 뒤 정해진 기간 안에 다시 지정되는 경우에 한해 그 연도 1월 1일부터 6년간 이어집니다. 규모가 커진 법인이라면 외부 회계감사 대상이 되는지도 함께 살펴야 하는데, 총자산과 수입금액·출연재산이 일정 기준을 넘으면 매년 감사를 받아야 할 수 있습니다. 참고로 법인격이 없는 비영리민간단체가 받는 기부금대상민간단체 지정은 주관 부처와 일정이 다른 별개 제도라, 우리 단체가 어느 쪽에 해당하는지부터 구분해야 합니다.

→ 유효기간이 끝나기 전에 재지정 일정을 챙겨야 소급 인정이 끊기지 않습니다.

이 협회는 담당 인력 없이 촉박한 일정으로 시작했지만, 공익법인 지정 정관과 재무 서류를 요건에 맞춰 정리한 덕에 첫 신청에서 지정으로 이어졌습니다. 문제가 터진 뒤 수습하는 것보다, 정관 한 줄을 미리 들여다보는 쪽이 결국 더 빠릅니다.

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글 : 김상윤 대표 행정사 · 행정사법인 세움

— 결국 이 사건도, 정관 한 줄을 언제 봤느냐의 문제였습니다.

사소한 질문도 괜찮습니다.

부담없이 문의주세요.

아무리 간단한 질문이라도 시간 내서 꼼꼼하게 듣겠습니다. 

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